meta-something

論文とか研究とか趣味のネタとか

論文紹介「Is Singularity-based Container Technology Ready for Running MPI Applications on HPC Clouds?」

タイトル "Is Singularity-based Container Technology Ready for Running MPI Applications on HPC Clouds?" 著者 Jie Zhang, Xiaoyi Lu, Dhabaleswar K. Panda from Network-Based Computing Laboratory, The Ohio State University Network-Based Computi…

インターンの成果が欧州スパコンの本番環境で使えるようになった

前回の記事で紹介した3ヶ月のスイスのCSCS滞在中にHPC運用チームで取り組んだ成果が、無事に同機関のスーパーコンピュータPizDaintの本番環境上で利用可能になったようです。 metavariable.hatenablog.com はじめは期間が長いと思っていたインターンも、作業…

スイスで3ヶ月間の留学を完走した感想

昨年2017年秋~冬にかけて経験した3ヶ月ほど滞在したスイスのCSCSで行った海外留学について書いてみます。ほとんど研究内容には触れず、かなり一般的な話です。タイトルにある通り、研究というよりもただの感想です。 海外留学の概要 滞在場所 Lugano, Switz…

ISC2017のメモ

個人的なまとめ 小電力効率GREEN500で東工大TSUBAME3.0が首位にランクイン LINPACK性能TOP500首位は相変わらず中国Sunway Taihulight 3位にスイスCSCSのPiz Daint バイオインフォ関係のセッションが結構多い(初日Keynote, Session, Workshop, …) LinuxCont…

論文紹介「Reproducibility of computational workflows is automated using continuous analysis」

タイトル Reproducibility of computational workflows is automated using continuous analysis 著者 Brett K Beaulieu-Jones, Casey S Greene Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania 掲載情報 Nature Biotechnology, vol.35, No.4, pp.…

SIGBIO49(とOpen-BIO21)で発表してきました

2017年3月23日に北陸先端大学(JAIST: Japan Advanced Institute of Science and Technology)で開催された、第49回情報処理学会 バイオ情報学研究会(SIG BIO 49)に参加して研究報告をしてきました。 タイトル 『コンテナ型仮想化による分散計算環境における…

ゆるふわなDockerの使い方(Docker布教)

Speaker Deck speakerdeck.com なにこれ 研究室でDockerの使い方を布教したときのスライドです。 ゆるふわに「とりあえずどんな感じで使えるのかわかればいいや」という感じの内容です。 なんでそんなことを 個人が使う場合でも便利なツールだから 研究領域…

論文紹介『An Updated Performance Comparison of Virtual Machines and Linux Containers』

タイトル An Updated Performance Comparison of Virtual Machines and Linux Containers 著者 Wes Felter ♰ , Alexandre Ferreira ♰ , Ram Rajamony ♰ and Juan Rubio ♰ ♰ IBM Research Division, Austin Research Laboratory 発表媒体 IBM Research Report…

『プログラマのためのDocker教科書』感想

数か月前からちまちまDockerを調べては触ってきたのだけれど、そろそろ情報がまとまった書籍を元に知識を整理したくなったので読んでみた。 プログラマのためのDocker教科書 インフラの基礎知識&コードによる環境構築の自動化作者: 阿佐志保,山田祥寛出版社/…

Docker-Sharif-Judge

DockerでSherif-Judgeを構築する記事をQiitaに書いて、あとGitHubで公開しておきました。 github.com qiita.com

SC16 メモ

ソルトレイクシティで開催されたSC16に参加してきました。めっちゃ楽しかったです。 ただ、初SCで事前知識がなく、現地についてからも混乱していたため、備忘録的にメモを残しておく。(セッション内容はまた別に) SC16の概要 期間:2016年11月12日(土)~…

備忘録「Googleが数千台もある10年前のLinuxディストリをライブアップグレードした話」

ラボの計算機がちょろっと古いLinuxOSで「dockerを入れようにもまずカーネルアップグレードの必要があって、そもそもOSのアップグレードは何処で断ち切れていて、じゃあ何処のノードなら依存関係なくて安全で…」という問題の根本原因を調査していたとき、以…

Docker + MPIとかHPCとか

調べてたら2012年頃からIBM内部の公開議論板?みたいなのが引っかかったりしてた。 Using Docker in High PerformanceComputing in OpenPOWER Environmenthttps://t.co/Ms5sKh8vDq— メタ (@Meta1127) 2016年10月19日 docker.openmpi : A scalable OpenMPI ru…

脳の中の幽霊

人間というハードウェアと、意識というソフトウェアについて考える時に、いつもこの本を引用したくなる。 脳のなかの幽霊 (角川文庫)作者: V・S・ラマチャンドラン,サンドラ・ブレイクスリー,山下 篤子出版社/メーカー: 角川書店(角川グループパブリッシン…

並列分散処理・プログラミングモデルのあれこれ

以下のURLを読んでいて気になった論文をピックアップ techblog.yahoo.co.jp MapReduce: Simplified Data Processing on Large Clusters http://research.google.com/archive/mapreduce.html PDF Google Hive - A Warehousing Solution Over a Map-Reduce Fra…